DNA sequence analysis

소개글

DNA sequence analysis
1977년에 이르러 DNA sequencing은 F.Sanger와 A.R.coulson이 개발한 chain termination method과 A.Maxam과 W.Gilbert의 chemical degradation method에 의해 가능하게 되었다. 그러나 이번 실험에서는 automated DNA sequencing을 통하여 DNA full sequence, amino acid sequence, silence mutation 등을 알아보았다. 각각의 data를 얻기 위해서는 다양한 컴퓨터 프로그램이 이용되었다. 최종적으로 우리가 sequencing 했던 DNA는 Arabidopsis thaliana EMB1075 (EMBRYO DEFECTIVE 1075)로부터 얻었던 것으로, 이 gene이 vector에 insert로 삽입되었던 것이다.

목차

Abstract:
Introduction:
Materials & Methods:
Result:
Discussion:
Reference:

본문내용

Abstract:
1977년에 이르러 DNA sequencing은 F.Sanger와 A.R.coulson이 개발한 chain termination method과 A.Maxam과 W.Gilbert의 chemical degradation method에 의해 가능하게 되었다. 그러나 이번 실험에서는 automated DNA sequencing을 통하여 DNA full sequence, amino acid sequence, silence mutation 등을 알아보았다. 각각의 data를 얻기 위해서는 다양한 컴퓨터 프로그램이 이용되었다. 최종적으로 우리가 sequencing 했던 DNA는 Arabidopsis thaliana EMB1075 (EMBRYO DEFECTIVE 1075)로부터 얻었던 것으로, 이 gene이 vector에 insert로 삽입되었던 것이다.

Introduction:
초기의 염기서열 결정방법은 A. Maxam과 W. Gilbert의 chemical degradation 방법과 F. Sanger와 A.R. Coulson이 개발한 chain determination 방법이다. 초기에는 degradation 방법이 많이 사용되어졌으나 DNA가 많은 농도로 필요하다는 단점이 있고 단시간 내에 훨씬 긴 염기서열을 읽어낼 수 있는 termination 기법의 새로운 개발로 인하여 Sanger method가 많이 이용되게 되었다. Enzymatic method는 chemical method와 달리 동일한 band가 안 나오므로 더욱 정밀하며 따라서 많이 사용되고 있다.
F. Sanger 와 A.R. Coulson의 방법의 가장 기본적인 개념은 원래의 DNA를 주형으로 삼아 표지된 DNA를 합성해 나가는 방식으로 염기서열을 분석하는 것이다. Sanger 법은 DNA strand의 연장을 특이적으로 종료시키는 물질인 2,3` dideoxynucleoside triphosphate(ddNTPs)가 사용된다. G, A, T, C의 구분은 2,3` ddNTP에 달려있다. 이 물질은 deoxyribose의 3`위치에 -OH가 없어, 정상적인 deoxynucleotide(dNTP)와 다르다. 그러나 다른 dNTP처럼 DNA 중합효소의 작용에 의하여 5`triphosphate 쪽에 결합 하므로 DNA strand에 끼어들어가지만, 3`말단의 -OH가 없어 다음 nucleotide가 phosphodiester bond을 형성할 수 없으므로 DNA strand의 합성이 종료된다.

참고 자료

- http://www.encyclon.net
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov
- http://www.arabidopsis.org
- http://br.expasy.org/tools/dna.html
- http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
- http://biochemistry.yonsei.ac.kr/biochem_molecular/gene_cloning_22.php
- 채범석, Lehninger 생화학 제2판(상), 1995, (주)서울외국서적, pp.296~298