A study of Edman degradation

소개글

Edman degradation에 대한 내용

목차

1. Method of Peptide Sequencing
2. What is Edman Degradation?
3. Mechanism & Limitation
4. Application
5. Reference

본문내용

이미아미노산이 1개 잘려나간폴리펩티드에 다시 다른 PITC가 붙어 또 뜯어내게 된다면

이를 검출시 서로 다른 아미노산이 섞여 검출될 가능성도 있지 않나요?

즉, 다시말해 한번의 Edman을 해줬을때 꼭 끝의 아미노산이 한번만 뜯겨나가는게 아니라

여러번 뜯겨나갈 가능성도 있지 않냐.. 는 것입니다.


PITC가 모두 동일한 순간에 폴리펩티드와 반응한다면 당연히 끝에 있는 아미노산이 다 동일한 것으로 나타나겠지만

동시에 반응하지 못한 PITC가 아미노산이 하나 잘린 폴리펩티드와 다시 반응할 가능성도 있지 않을까.. 해서요 PITC씩만 떨어질 수 있또록 해주게 됩니다
Edman시약의 단점이 한번 실험을 하고나면 N말단에 100%효율로 결합을 하지 않습니다. 반면에 nger시약의 경우는 그렇지 않고요. 따라서 dman시약으로만 실험을 진행하면 실험이 진행될수록 정확도까 떨어져서 대략 50개 아미노산까지만 측정이 가능하다 합니다. 그렇기 때문에 가수분해효소들로 절단해서 나중에 overlap해주는거고요. 아마 제 기억으로는 97%정도의 효율이었던걸로 기억합니다
Automated N-terminal sequencer 즉, N-terminal에서부터 sequencing을 하여 아미노산의 서열을 알아내는 방법이다. 여기서는 Edman`s reagent라고 알려진 Phenylisothiocyanate를 이용한다. 이 용액은 Alkali 조건에서 peptide의 N-terminus와 결합해서 PTH(phenylthiohydantoin)를 형성하고 PTH가 형성되면 불안전하기 때문에 펩티드 결합이 깨지게 된다. 그러면 떨어져 나온 PTH-의 질량을 측정해 어떤 아미노산인지 찾아낼 수 있다. 하지만 이 방법은 sequencing을 50개 이상 할 수 없다는 한계가 있다. . 만약 특정 효소를 처리하여 하나의 peptide를 여러개의 fragment로 나누면, 위의 man`s method를이용해 50여개의 아미노산을 알아내도그 아미노산이 어디에 위치해 있는지 그리고 어떤 fragment가 먼저인지파악하기가 힘들고 단지, 잘려진 fragment의 제일 앞 부분의 아미노산의 위치만 알 수 있다.

참고 자료

Edman, P. Acta Chem. Scand. 1950, 4, 283
Niall HD. "Automated Edman degradation: the protein sequenator". Meth. Enzymol. 1973, 27: 942–1010.
http://en.wikipedia.org/wiki/
http://blog.naver.com/18clup/10005879806
http://www.rpi.edu/dept/bcbp/molbiochem/MBWeb/mb1/part2/
krebs.htm#animat1
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/