Levels of Bacterial Community Diversity in Four Arid Soils Compared by Cultivation and 16S rRNA Gene Cloning

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Levels of Bacterial Community Diversity in Four Arid Soils Compared by Cultivation and 16S rRNA Gene Cloning
이라는 논문을 읽고 해석 요약 정리

목차

없음

본문내용

◈이론적 배경◈
▶ rRNA와 rDNA : rRNA는 ribosomal RNA 을 나타내고 rDNA는 rRNA gene을 나타낸다.
▶ viable but noncultivable(VBNC) : 살아있지만 배양할 수 없는 생물을 말함.
▶ Taq polymerase : 열에 특별히 강한 유전자 합성 효소. PCR에서 사용하는 polymerase로써 Thermus aquaticus 로부터 정제한 효소이다. 이 세균은 바다 밑의 뜨거운 곳에서 생존한다는 점에 근거하여 이 세균 내의 효소가 열에 저항성을 지니고 있음을 발견하게 되었다. 보통의 효소들은 94℃까지 온도가 올라가게 되면 효소로서의 기능을 상실하지만 Taq polymerase는 그 기능을 유지하고 있기 때문에 PCR에서 이 효소를 사용할 수 있는 것이다.
▶ 16S rRNA 유전자 클로닝법 : 16S rRNA 유전자(이하 16S rDNA)의 클로닝을 위해서는 우선 미생물 군집 시료로부터 모든 미생물의 DNA를 추출한 후 PCR법으로 박테리아의 16S rRNA를 대량 복제한다. 복제된 PCR 산물에는 다양한 박테리아의 16S rRNA가 혼재하고 있으므로 각각을 플라스미드에 연결하여 하나씩 대장균에 삽입한다. 대장균을 배양하여 16S rDNA가 삽입된 플라스미드를 대량 복제한 후 플라스미드를 회수하고 각 플라스미드에 삽입 된 16S rDNA의 염기서열을 결정한다. 얻어진 16S rDNA의 염기서열을 데이터베이스와 비교함으로써 미생물 군집 내에 존재하는 박테리아의 종들을 결정하거나 알려진 종들과의 계통학적 상관성을 구할 수 있다.

참고 자료

▶ 미생물 생태학, 이상준·손홍주·이태호·정성윤 지음, 동화기술
▶ Molecular Biology, David P. Clark, ACADEMIC PRESS
▶ 레닌저 생화학, 제4판, DAVID L. NELSON · MICHAEL M. COX, 월드사이언스
▶ Brock의 미생물학, 제11판, MICHAEL T. MADGAN · JOHN M. MARTINKO, 월드사이언스