DNA sequencing을 통한 유전자분석

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Genomic DNA extraction, PCR, DNA sequencing을 통한 유전자 분석에 관한 생화학 레포트입니다.

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본문내용

Title : Genomic DNA extraction, PCR, DNA sequencing을 통한 유전자 분석
introduction :
이번 실험에서는 Genomic DNA extraction을 통해 genomic DNA를 얻고 PCR을 통해 원하는 gene만 증폭시킨다. 그 다음 electrophoresis, purification, sequencing을 거쳐 맞는 size의 band가 나왔는지 확인하고 sequencing을 해 얻어진 DNA 서열로 NCBI에서 gene의 이름과 위치를 찾는 것이 이번 실험의 목표이다.
먼저 DNA extraction의 원리는 cell membrane과 nuclear membrane을 lysis한 후 DNA를 산성화시켜 한 가닥으로 만드는 것이다. 그 다음 DNA에 부착된 histone과 같은 단백질들을 분리하고 단일가닥을 다시 이중가닥으로 결합시킨 후 DNA만 정제해 내는 것이다.

<중 략>

그림 3의 sequencing 보내기 전 PCR purification한 농도 및 purity를 보면 우리 조가 실험한 2조-3번은 농도가 22.35ug/ul, A260/A280은 1.8, A260/A230은 2.1이 얻어졌으며 2조-4번은 농도가 29.3ug/ul, A260/A280은 1.81, A260/A230은 1.99가 얻어졌다. 다른 조의 결과와 비교해보았을 때 두 경우에서 모두 상대적으로 높은 농도가 구해졌으며 A260/A280도 1.8~2.0의 범위 안에 들어가고 A260/A230도 거의 2.0~2.2 안에 들어가 DNA가 pure하다고 볼 수 있었다. 즉, PCR purification이 잘 수행되었다고 볼 수 있다.
내가 실험한 3번의 경우 sequencing 결과를 보면 원래 peak가 하나씩만 깨끗하게 나와야 하는데 peak가 두 개가 나오거나 조금 겹치는 등 깨끗하지 않은 결과가 얻어졌다. 이는 PCR purification 과정에서 purification이 완벽히 일어나지 않고 다른 불순물이 남아있었기 때문이라고 볼 수 있다.

참고 자료

Tomkinson, A.E., Vijayakumar, S., Pascal, J.M. & Ellenberger, T. (2006) Chem. Rev. 106, 687699.
. El Omari, K., Ren, J., Bird, L.E., Bona, M.K., Klarman, G., Legrice, S.F. & Stammers, D.K. (2006) J. Biol. Chem. 281, 15731579.
Nandakumar, J. & Shuman, S. (2005) J. Biol. Chem. 280, 2348423489.