Plasmid DNA 분리

목차

1. Plasmid DNA 분리의 원리
2. Plasmid 분리 실험과정
3. Supercoiled(closed circular) DNA와 open circular DNA

본문내용

주로 miniprep이라고 부르는 이 방법은 plasmid DNA를 소량 분리하는 방법입니다. 여러가지 방법이 있지만, 여기서는 가장 보편적으로 사용되는 방법인 Alkali lysis method를 소개합니다.
기본적인 원리는 그림에서 보듯이 세균의 cell wall과 cell membrane을 부수고 DNA 만을 분리하는 것입니다.
이 때 중요한 것은 세균이 원래 가지고 있는 chromosomal DNA와 plasmid DNA를 구분하여 분리하는 것입니다. 이 둘은 모두 DNA이므로 성질이 비슷하기 때문에 구분하여 분리하기가 쉽지 않습니다

<중 략>

Solution III를 200 ul 넣으면 위와 같이 하얀 침전물이 생기는데, 이것이 chromosomal DNA 및 potassium, SDS의 complex라고 생각하시면 됩니다. 너무 뭉쳐있으면 안되므로 하얀 침전물을 적당한 충격으로 조금 풀어줘서 하얀 눈꽃송이 모양이 되도록 합니다. 몇번 뒤집으면서 살살 흔드는 것으로 충분합니다. 이후 얼음속에 10분간 방치합니다.
아래는 Solution I, II, III를 순차적으로 처리하면서 변해가는 시료의 모습입니다
.
4°C에서 15,000 rpm, 10분간 원심분리한 다음 상층액을 조심스럽게 떠서 새 튜브에 옮깁니다. 이 상층액에 plasmid DNA가 들어 있습니다.

<중 략>

보통 DNA는 그림과 같이 supercoiled form으로 존재하지만, 한 쪽 strand에 nick이 생기면 supercoil이 풀어져서 open circular form이 됩니다.

실제로 같은 DNA가 supercoiled, linear, open circular form으로 존재할 수 있는데, 이들을 전기영동하면 같은 염기서열의 같은 크기 DNA라도 이동하는 거리가 제각기 다릅니다. Size marker로 쓰는 짧은 DNA는 linear form입니다. 이렇게 전기영동으로 size를 비교할 수 있는 DNA는 linear form DNA 뿐입니다.

이렇게 plasmid DNA를 분리하였습니다.

참고 자료

없음