분자동역학 시뮬레이션 실험 (액체상태)
- 최초 등록일
- 2022.11.04
- 최종 저작일
- 2021.11
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소개글
"분자동역학 시뮬레이션 실험 (액체상태)"에 대한 내용입니다.
목차
1. 실험 주제
2. 실험 목표
3. 실험 결과
3.1 Methanol PBC 구축
3.2 Methanol MD
3.3 RDF (radial distribution function)
4. 고찰
본문내용
1. 실험 주제
-Liquid Simulation
2. 실험 목표
-Liquid의 molecular dynamics를 계산할 줄 앎.
-계산 결과를 통해 구조 분석을 할 줄 앎.
3. 실험 결과
3.1 Methanol PBC 구축
3.1.1 Methanol structure optimization (MM)
Material studio를 사용하여 Methanol을 만든 뒤 MM(SMART)를 이용해 structure optimization을 하였다. 그 후 methanol 분자 125개를 포함하는 PBC를 구축하기 위해 단일분자가 포함된 PBC를 5x5x5로 쌓았다. 그리고 COMPASS FF에서 spline width는 3, cut off distance는 15로 설정하였으며 Methanol의 부피를 고려하여 PBC의 한 변의 길이를 결정하였다.
3.1.2 Methanol PBC Length 계산 ->PBC size 정하기 위해 (PBC 구축 및 size 조절)
PBC의 크기를 결정하기 위해 methanol의 부피를 구한 뒤 세제곱근으로 한 변의 길이를 구하였다.
[〖cm〗^3/g] x [g/mol] x [1/N_A ] → [〖cm〗^3/0.79g] x [32g/mol] x [mol/(6.02X10^23 )] = 6.728x10^(-23) 〖cm〗^3
6.728x10^(-23) 〖cm〗^3 → PBC Length = 4.06 x 10^(-8) cm = 4.06 Å
3.2 Methanol MD
3.2.1 Ensemble
Ensemble이란 주어진 거시적인 조건을 만족하는 가능한 모든 microstate의 집합이다. 이는 주어진 모든 상태를 모아 놓은 집합이므로 실제 주어진 계가 놓일 수 있는 microstate의 확률분포이기도 하다. 또한 여기서의 microstate는 potential energy와 kinetic energy로 구성되어 있으며..
<중 략>
참고 자료
김찬일, 양승한, 김영석. (2003).분자동력학을 이용한 나노 재료의 변형거동 전산모사.소성 가공,12(3),171-183.
Shiliang(Johnathan) Tan, L. Prasetyo, Y. Zeng, D.D. Do, D. Nicholson, “On the consistency of NVT, NPT, μVT and Gibbs ensembles in the framework of kinetic Monte Carlo” Chemical Engineering Journal, Volume 316, 2017, Pages 243-254.