환경유전체학 토양미생물 추출실험

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환경유전체학 토양미생물 추출실험

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이번 학기 시험을 정리 하자면 일정량의 토양을 채취하여 그 속에 있는 metagenome으로부터 유전자를 추출하여 PCR을 통한 증폭과 추출된 유전자를 재조합 시켜 세균에 삽입하여 배지에서 키운 후 우리가 원하는 제대로 재조합된 세균을 찾는 방법에 대한 실험을 하였다.
우선 일정량의 토양을 채취한 후 토양속에 있는 모든 미생물의 gene 즉, metagenommf 추출한다. 추출하는 방법으로는 토양에 lysis solution을 첨가하여 세포벽을 무너뜨린다.
lysis solution은 STET buffer, containing 0.05M glucose, 0.01M EDTA, 0.025M Tris-HCl, pH 8.0, lysozyme (1mg/mL) 등으로 구성되지며 이 중 EDTA가 세포벽을 유지하는 calcium ion을 제거 하여 세포벽에 균열을 일으킨다. 다음으로 SDS solution을 넣어 세포막을 깨뜨리는데 이때 세포 안에 있는 gene이 외부로 나오게 된다. Alkaline-SDS solution, 0.2M NaOH containing 1%(w/v) SDS 등으로 구성되어지며 세포막에 있는 lipid를 제거하여 줌으로서 세포막을 깨뜨리게 된다. 이 두 용액을 처리함으로서 세포를 깨뜨리고 유전자를 외부로 나오게 할 수 있으나 그와 동시에 깨어진 세포벽이나 세포막의 파편 이나 단백질도 함께 존재 하게 된다. 이를 제거하기 위하여 처리 해주는 것이 phenol/

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